近年来各地以“科学发展、合理规划、扎实推进”为原则，大力实施农村面源污染防治，做了大量工作并取得了一定的成效。但也存在不少问题。
以xx市中区为例。
(一)以畜禽养殖为主的面源污染治理形势严峻。由于农业生产投入的不断增加，尤其是农药、化肥、地膜等农业生产资料的不合理和过量使用，以及畜禽粪便等农业废弃物的任意排放，农业面源污染已成为导致农业生态环境恶化和资源退化的一个重要因素，造成农产品质量下降，影响农产品和饮用水质量，对人类健康构成威胁。
(二)对农村面源污染防治的严峻形势认识不足。农村乡镇没有专门的环保机构，专业技术人员严重缺乏;现有管理中存在多部门管理，缺乏统一规划和指导;农民环保意识不强，缺乏适合农村需要而又成本低廉的实用环保技术;农村垃圾处理模式单一，没有因地制宜;环境监测监督手段不足，监管工作难以到位等因素，又进一步加重了面源恶化的趋势。
(三)综合协调机制尚不完善。该区没有真正坚持联席会议，信息还不通畅，部门联动机制尚不完善。区域协调机制尚未建立，特别是跨境河流污染的治理尚未形成共识，区内七条小河流域就有四条是跨境河流，治理难度加大。
建议：
(一)切实把生态文明建设纳入党委政府议事日程。树立“经济发展是政绩，保护治理环境也是政绩”的理念，把保护和治理环境作为最大的民生工程来抓，要把农村面源污染治理工作纳入即将开展的“十三五规划”和列入年度工作计划，作为党委政府的重要工作。对乡镇和部门要把农村面源污染治理工作列入年度工作考核并提高考核分值，增强各级环境污染治理的紧迫感和责任感，要下更大的决心，作更大的努力治理农村面源污染。
(二)统筹科学规划。科学制定农村产业结构调整及经济发展布局的相关政策，加快无公害农产品、绿色食品和有机食品生产基地的发展步伐，大力发展高效生态农业，鼓励发展种养结合的生态农场。加快农业废弃物资源化利用鼓励政策的制定，出台对环境影响较小的农化品生产、销售及使用的扶持政策。建立重点污染领域生态准入制度，实现畜牧业从城郊向山区丘陵转移，从沿江沿河沿水库向农业生产区转移，从房前屋后向生态养殖区转移，促进立体型种养生态畜牧业发展。
(三)坚持科学发展。养猪、养鸡、养鸭是我区目前最大的污染源，要坚持以科学发展观为指导，遵循“资源化、减量化、无害化、生态化”的原则，大力发展农业循环经济，加强对种植业污染和养殖业污染的防治，加快转变传统种、养业增长方式，坚决杜绝污染企业在区内落地生根，坚决杜绝大型养殖场(站)引入区内落地建设，大力提倡适度规模养殖，充分考虑环境容量，坚持种养配套，就地解决养殖粪便，提高治污能力，改善农村生态环境和人居环境，促进美好乡村建设。
(四)完善工作机制。建立村民环境自治机制，成立环保合作社、环保协会等组织，发挥村民主体作用。积极推行土地流转，鼓励建设标准化农业园区和组建农村合作社，推广和深化农户与龙头企业利益共享机制。划定生态红线，建立补偿机制，建议将“三江七河”五公里之内的流域划定为生态红线，区域内禁止规模畜禽养殖，推行生态农业。对因生态保护作出牺牲的地区和群众采取财政转移补偿、产业生态补偿、项目建设支持、开发性补偿等方式进行补偿。
(五)加大资金投入。增加财政投入，加大对农村污染处理设施建设和污染物综合利用项目的支持力度，将农村环境治理经费投入纳入政府绩效考核范围;大力开展以测土配方施肥技术为主的农业节水、节肥、节药、节种清洁生产，推广生物制剂防治病虫害，实施化肥农药减量、增效、控污技术，采取合理轮作、选用抗病品种、利用杀虫灯等技术措施，全面禁用高毒、高残留农药;加大公共基础设施投入，进一步完善集镇的污水处理设施等基础和配套管网建设。
(六)统筹协调、共同发声，加强跨境小河流域的治理。政府及相关单位也包括政协、民主党派、社会各界共同发声，大家都要为小河流域的污染治理共同呼吁，引起上级党委政府和相关部门的重视，形成治理共识，切实搞好小河流域的污染治理。
(七)建立强有力的监督机制。充分利用法律武器，严厉查处打击环境污染企业，加大处罚的力度，对造成污染的企业决不姑息。加强环境监测站建设，做到对重点区域和重点企业进行经常性监测监督，实行信息公开，加大社会监督和舆论监督力度。加强基层环保工作责任制，落实乡镇、村组的防治工作责任，加强监督管理。落实基层畜牧兽医站的职责，对现有养殖污染源要进行逐一排查，坚持“谁污染、谁治理”的原则，落实责任，限期治理。
(八)凝聚全社会共识，环保就是最大的民生。要加大环保宣传工作力度，社会各界要提高认识，治理面源污染不仅关系当代，也关系到我们的子孙，充分认识面源污染治理的长期性、艰巨性和复杂性，树立环保就是最大民生的理念，切实把面源污染治理好，还老百姓青山绿水。
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